La diferencia principal radica en su composición y origen. Mientras que los lipomas son formaciones de células de tejido adiposo benigno, los quistes sebáceos se desarrollan a partir de glándulas sebáceas obstruidas.

Aunque son lesiones diferentes, se confunden con frecuencia. Exteriormente y a primera vista, pueden verse similares sin embargo, su composición y origen son diferentes aunque ambas suelen ser benignas. Ambos pueden aparecer en cualquier parte del cuerpo donde exista tejido graso o glándulas sebáceas, como el cuello, los hombros, la espalda, el abdomen o los brazos.

El Quiste Sebaceo también llamado quiste de grasa o quiste epidérmico, está formado por una cápsula o saco que produce queratina. La queratina es la sustancia que dependiendo de lo compactada que este, forma la capa más superficial de la piel, los pelos o las uñas. La piel continuamente elimina escamas microscópicas de queratina (solo las vemos cuando se acumulan por algún problema como piel muy seca, eccemas o psoriasis). Cuando esta cápsula o saco se bloquea va creciendo y creciendo poco a poco de forma continuada, acumulando queratina hasta formar el bulto que conocemos como quiste sebáceo. Este bulto es bastante duro al tacto y de forma esférica. Normalmente, se comunican con el exterior a través de un poro y esto permite que los microorganismos entren en su interior y lo puedan infectar. 

El lipoma en un crecimiento o tumor benigno de células de tejido graso que se forma debajo de la piel, son blandos al tacto, redondeados, bien delineados y normalmente no son dolorosos. También pueden desplazarse cuando se tocan, ya que no están adheridos a planos profundos de la piel, generalmente, se sitúa entre la piel y la capa muscular subyacente. Pueden aparecer en cualquier localización del cuerpo que contenga grasa. La mayoría ocurren en la mitad superior del cuerpo, particularmente en el tronco y el cuello. 

El lipoma a diferencia de quiste sebáceo o epidérmico, es un tumor sólido. Toda su estructura es igual, no tiene cápsula. No se infecta porque no se comunica con el exterior a través de un poro y tienen una consistencia blanda y gomosa. 

En la mayoría de los casos, tanto los lipomas como los quistes sebáceos son inofensivos y no requieren tratamiento. Sin embargo, si causan molestias (dolor y/o crecimiento rápido) o preocupación estética, se pueden extirpar mediante cirugía menor. La extirpación suele ser el mejor tratamiento definitivo siendo este un procedimiento sencillo y seguro, realizado bajo anestesia local en la mayoría de los casos por un especialista en Cirugía general.